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Run: ERR2229804
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Run ID: ERR2229804

Sample name:

Date: 31-03-2023 17:36:07

Number of reads: 115394

Percentage reads mapped: 67.39

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7443 p.Leu48Ile missense_variant 0.18
gyrA 9367 p.Ala689Glu missense_variant 0.5
rpoC 763489 p.Lys40Asn missense_variant 0.4
rpoC 763568 p.Arg67Trp missense_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474799 n.1143delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474803 n.1146_1147insA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475026 n.1369G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475991 n.2334T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168728 p.Gly629Arg missense_variant 1.0
Rv1979c 2221730 p.Ser479Cys missense_variant 0.29
pncA 2289126 p.Ala39Glu missense_variant 0.67
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568582 p.Pro33Leu missense_variant 0.5
fbiB 3641681 c.147C>A synonymous_variant 0.14
fbiB 3641693 c.159G>A synonymous_variant 0.14
rpoA 3877705 p.Gly268Val missense_variant 0.29
rpoA 3878111 p.Lys133Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4247422 c.909C>A synonymous_variant 0.5
aftB 4267071 p.Ser589Phe missense_variant 0.22
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0