Run ID: ERR2510759
Sample name:
Date: 31-03-2023 18:55:25
Number of reads: 1974029
Percentage reads mapped: 98.08
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 761967 | p.Glu721Lys | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472564 | n.719A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
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rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrs | 1472677 | n.832C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472692 | n.847T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
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rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169068 | c.1545G>T | synonymous_variant | 0.18 |
PPE35 | 2169122 | c.1491C>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169125 | p.Val496Ile | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169131 | c.1482C>T | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169134 | c.1479G>A | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169141 | p.Thr491Met | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169144 | p.Val490Ala | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169149 | c.1464G>A | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289972 | c.-731T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518169 | p.Val19Ile | missense_variant | 1.0 |
ald | 3087095 | c.276C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448497 | c.-6_*1408del | transcript_ablation | 1.0 |