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Run: ERR2510790

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Run ID: ERR2510790

Sample name:

Date: 31-03-2023 18:56:26

Number of reads: 1005790

Percentage reads mapped: 82.82

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.11
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764272 c.905delT frameshift_variant 0.13
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.12
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.12
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473000 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475260 n.1608delG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475949 n.2292A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476463 n.2806C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2221746 c.1416_1418dupCCG disruptive_inframe_insertion 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746326 p.Phe425Leu missense_variant 0.11
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.25
Rv3083 3448567 p.His22Asp missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568428 c.252A>C synonymous_variant 0.43
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.73
aftB 4267272 p.Lys522Arg missense_variant 1.0
ethA 4326536 p.Val313Ala missense_variant 1.0
ethA 4326578 p.Gly299Ala missense_variant 1.0
ethR 4326739 c.-810G>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328004 c.-531C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0