Run ID: ERR2510790
Sample name:
Date: 31-03-2023 18:56:26
Number of reads: 1005790
Percentage reads mapped: 82.82
Strain: lineage4.6.2.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.2 | Euro-American | T;LAM | RD726 | 1.0 |
lineage4.6.2.2 | Euro-American (Cameroon) | LAM10-CAM | RD726 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 762053 | c.2247T>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 762057 | p.Ile751Val | missense_variant | 0.11 |
rpoB | 762062 | c.2256T>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764272 | c.905delT | frameshift_variant | 0.13 |
rpoC | 764543 | p.Thr392Ala | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 764573 | p.Leu402Ile | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 764581 | c.1212T>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764582 | p.Leu405Met | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 764605 | c.1236G>T | synonymous_variant | 0.15 |
rpoC | 764611 | c.1242G>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764626 | c.1257C>T | synonymous_variant | 0.12 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpR5 | 778298 | c.-692C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
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