Run ID: ERR2510792
Sample name:
Date: 20-10-2023 06:30:45
Number of reads: 1177198
Percentage reads mapped: 97.26
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474232 | n.575C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
alr | 3841080 | p.His114Pro | missense_variant | 1.0 |
embC | 4242848 | p.Pro996Ala | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |