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Run: ERR2512443
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Run ID: ERR2512443

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:02:12

Number of reads: 2350104

Percentage reads mapped: 98.02

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5524 c.285C>A synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472138 n.293C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472139 n.294C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472146 n.301G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472147 n.302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472158 n.313C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472295 n.451_466delAGGTCCGGGTTCTCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472892 n.1047T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473293 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0