Run ID: ERR2513929
Sample name:
Date: 31-03-2023 20:00:09
Number of reads: 835362
Percentage reads mapped: 97.24
Strain: lineage4.1.1.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.2 | Euro-American (X-type) | X1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491339 | p.Gly186Asp | missense_variant | 0.12 |
ccsA | 620040 | c.150G>A | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 759620 | c.-187A>C | upstream_gene_variant | 0.29 |
rpoC | 763933 | c.564C>A | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777122 | c.1359C>T | synonymous_variant | 0.11 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1302814 | c.-117C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472668 | n.825_829delGGGTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472675 | n.830_831insAGAC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472680 | n.835C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472682 | n.837T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472683 | n.838T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472687 | n.842A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472689 | n.844C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472953 | n.1111_1112delTC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472959 | n.1114_1115insTA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472967 | n.1122G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472969 | n.1125_1126delCG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472975 | n.1130T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472977 | n.1132G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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rrs | 1472990 | n.1145A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
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rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473262 | n.1417T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474626 | n.969T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474634 | n.977T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474636 | n.979A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474658 | n.1001A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474663 | n.1006C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474734 | n.1077G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475589 | n.1932G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
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rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476523 | n.2866T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrl | 1476528 | n.2871A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476539 | n.2882A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1918034 | p.Val32Gly | missense_variant | 0.29 |
ndh | 2102238 | p.Ile269Phe | missense_variant | 0.12 |
PPE35 | 2169281 | c.1332T>G | synonymous_variant | 0.12 |
PPE35 | 2169308 | c.1305C>T | synonymous_variant | 0.11 |
PPE35 | 2170415 | c.198A>G | synonymous_variant | 0.12 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518144 | c.29dupG | frameshift_variant | 0.15 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3449787 | c.1284C>T | synonymous_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4241572 | c.1710C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embA | 4243833 | p.Ala201Thr | missense_variant | 1.0 |
embB | 4246930 | p.Gln139His | missense_variant | 1.0 |
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ethA | 4327431 | p.Ser15Thr | missense_variant | 0.1 |
ethR | 4327907 | p.Val120Ala | missense_variant | 0.13 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |