TB-Profiler result

Run: ERR2514393
Summary

Run ID: ERR2514393

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:18:28

Number of reads: 2751582

Percentage reads mapped: 98.75

Strain: lineage4.1.1.3.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.28
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 0.99
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474288 n.632_633insACACGC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474292 n.635T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474293 n.637_647delCCTCTCCGGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474306 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474309 n.653delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 0.99
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
aftB 4269540 c.-704C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0