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Run: ERR2514652
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Run ID: ERR2514652

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:28:57

Number of reads: 1458113

Percentage reads mapped: 96.88

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777119 p.His454Gln missense_variant 0.11
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 777128 c.1353A>G synonymous_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.21
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474294 n.637C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.21
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.27
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0