Run ID: ERR2514926
Sample name:
Date: 20-10-2023 09:53:55
Number of reads: 1271171
Percentage reads mapped: 93.94
Strain: lineage4.6.2.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | R | rrs n.1402C>A (0.42), rrs n.1484G>T (0.44) |
Amikacin | R | rrs n.1402C>A (0.42), rrs n.1484G>T (0.44) |
Capreomycin | R | rrs n.1402C>A (0.42), rrs n.1484G>T (0.44) |
Kanamycin | R | rrs n.1402C>A (0.42), rrs n.1484G>T (0.44) |
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.2 | Euro-American | T;LAM | RD726 | 1.0 |
lineage4.6.2.2 | Euro-American (Cameroon) | LAM10-CAM | RD726 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpR5 | 778298 | c.-692C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2155389 | c.723C>G | synonymous_variant | 1.0 |
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Rv3083 | 3448567 | p.His22Asp | missense_variant | 1.0 |
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