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Run: ERR2514926
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Run ID: ERR2514926

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:38:50

Number of reads: 1271171

Percentage reads mapped: 93.94

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474510 n.853T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475028 n.1371G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475030 n.1373G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475031 n.1374G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475033 n.1376G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476048 n.2391G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476049 n.2392C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476090 n.2434dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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