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Run: ERR2515460

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Run ID: ERR2515460

Sample name:

Date: 20-10-2023 14:01:44

Number of reads: 1090207

Percentage reads mapped: 95.01

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491100 c.318C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472678 n.833_834delTTinsGCC non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472684 n.839_845delGGGATCCinsA non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472840 n.995_996delAGinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472869 n.1024_1025delGTinsCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168524 p.Gly697Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
alr 3840764 c.657G>C synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*56delCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0