TB-Profiler result

Run: ERR4769547
Summary

Run ID: ERR4769547

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:44:07

Number of reads: 59636

Percentage reads mapped: 2.64

Strain: lineage4.9;La1.3

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1.3 M.bovis None None 0.12
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.95
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.93
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 766388 p.Gly1007Ser missense_variant 0.5
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304715 c.1785G>C synonymous_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472414 n.569C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472449 n.604C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472463 n.618G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472672 n.830delT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473717 n.60G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473814 n.157A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473815 n.158T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473830 n.173T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473833 n.176_177insT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473870 n.213G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475060 n.1404delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475067 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475076 n.1419C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475079 n.1422T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475144 n.1487G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475163 n.1506T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476045 n.2388G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476047 n.2390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476080 n.2423T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476728 n.3071T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1833832 c.291G>A synonymous_variant 0.67
rpsA 1833835 c.294C>T synonymous_variant 0.67
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
katG 2156465 c.-354C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
fprA 3475167 c.1161C>T synonymous_variant 0.67
clpC1 4039757 c.948A>G synonymous_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0