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Run: ERR4814524
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Run ID: ERR4814524

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:20:29

Number of reads: 1227837

Percentage reads mapped: 91.28

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1473789 n.132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1473806 n.149C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1473814 n.157A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473822 n.165A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473828 n.171_172insCA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167967 c.2645dupC frameshift_variant 1.0
PPE35 2168034 p.Thr860Ile missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290199 c.-958C>T upstream_gene_variant 0.14
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.28
ahpC 2726341 p.Val50Gly missense_variant 0.19
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641238 c.-297G>A upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embC 4242920 p.Ala1020Thr missense_variant 0.11
embB 4246746 p.Asp78Gly missense_variant 1.0
embB 4249228 c.2715G>T synonymous_variant 0.11
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
ubiA 4269245 p.His197Tyr missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0