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Run: ERR4815039
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Run ID: ERR4815039

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:38:17

Number of reads: 1920707

Percentage reads mapped: 98.73

Strain: lineage4.1.1.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.99
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474685 n.1028G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474687 n.1030C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246548 p.Pro12Gln missense_variant 0.11
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
aftB 4269540 c.-704C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0