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Run: ERR4815425

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Run ID: ERR4815425

Sample name:

Date: 20-10-2023 07:49:57

Number of reads: 4282172

Percentage reads mapped: 91.31

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.888G>A (0.69)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9788 p.Asp829Glu missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170394 c.219G>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2221722 c.1443C>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.99
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 0.99
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0