Run ID: ERR4815627
Sample name:
Date: 01-04-2023 13:58:22
Number of reads: 1806081
Percentage reads mapped: 97.61
Strain: lineage4.1.1.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5248 | c.9C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gyrB | 5805 | p.Thr189Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 490751 | c.-32T>G | upstream_gene_variant | 0.14 |
mshA | 576048 | p.Arg234Leu | missense_variant | 0.12 |
ccsA | 620785 | p.Gly299Ser | missense_variant | 0.14 |
rpoB | 760928 | c.1122G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 760934 | c.1128C>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 760946 | c.1140A>G | synonymous_variant | 0.13 |
rpoB | 760970 | c.1164G>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoB | 761148 | c.1342C>A | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 762428 | c.-942C>T | upstream_gene_variant | 0.15 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 766267 | c.2899_2902delACGT | frameshift_variant | 0.13 |
rpoC | 766275 | p.Ala969Gly | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 766670 | p.Asp1101His | missense_variant | 0.13 |
rpoC | 766756 | c.3387G>A | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 766879 | c.3510G>A | synonymous_variant | 0.2 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303016 | p.Val29Gly | missense_variant | 0.22 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
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rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154716 | p.Gly466Arg | missense_variant | 0.19 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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