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Run: ERR4815627
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Run ID: ERR4815627

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:58:22

Number of reads: 1806081

Percentage reads mapped: 97.61

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5248 c.9C>T synonymous_variant 1.0
gyrB 5805 p.Thr189Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.14
mshA 576048 p.Arg234Leu missense_variant 0.12
ccsA 620785 p.Gly299Ser missense_variant 0.14
rpoB 760928 c.1122G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 760934 c.1128C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 760946 c.1140A>G synonymous_variant 0.13
rpoB 760970 c.1164G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761148 c.1342C>A synonymous_variant 0.14
rpoC 762428 c.-942C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766267 c.2899_2902delACGT frameshift_variant 0.13
rpoC 766275 p.Ala969Gly missense_variant 0.12
rpoC 766670 p.Asp1101His missense_variant 0.13
rpoC 766756 c.3387G>A synonymous_variant 0.1
rpoC 766879 c.3510G>A synonymous_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.22
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473122 n.1281delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2104dupC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154716 p.Gly466Arg missense_variant 0.19
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040057 c.648C>T synonymous_variant 0.15
clpC1 4040087 c.618G>T synonymous_variant 0.14
clpC1 4040445 p.Val87Asp missense_variant 0.11
panD 4044444 c.-163G>A upstream_gene_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0