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Run: ERR4815837
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Run ID: ERR4815837

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:05:30

Number of reads: 2610376

Percentage reads mapped: 92.39

Strain: lineage4.1.4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.4 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778042 p.Ala147Thr missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473084 n.1239T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473122 n.1281delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473258 n.1413T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473263 n.1418A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473266 n.1421A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473281 n.1438_1441delTAAC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473289 n.1444T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473291 n.1449_1451delAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473310 n.1465T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878676 c.-169G>T upstream_gene_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0