Run ID: ERR4816235
Sample name:
Date: 01-04-2023 14:19:06
Number of reads: 2151584
Percentage reads mapped: 99.08
Strain: lineage4.7
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.7 | Euro-American (mainly T) | T1;T5 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472755 | n.910G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473071 | n.1226C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4249732 | c.3219C>G | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |