Run ID: ERR4817274
Sample name:
Date: 01-04-2023 14:54:15
Number of reads: 1939925
Percentage reads mapped: 99.15
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765046 | p.Met559Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpR5 | 779346 | p.Asp119Glu | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472464 | n.619A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472471 | n.626G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472489 | n.644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472494 | n.649A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472498 | n.653C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472504 | n.659A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472505 | n.660G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472670 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472958 | n.1113A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472970 | n.1126delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472974 | n.1129A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472975 | n.1130T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473026 | n.1181T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473083 | n.1238G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1475751 | n.2094C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475754 | n.2097G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475756 | n.2099T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475762 | n.2105G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475763 | n.2107_2108delAA | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475774 | n.2117C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475777 | n.2120A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154335 | p.Gly593Cys | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
alr | 3841080 | p.His114Pro | missense_variant | 1.0 |
alr | 3841546 | c.-126C>A | upstream_gene_variant | 0.12 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |