TB-Profiler result

Run: ERR4817274
Summary

Run ID: ERR4817274

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:54:15

Number of reads: 1939925

Percentage reads mapped: 99.15

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 765046 p.Met559Ile missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 779346 p.Asp119Glu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473083 n.1238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154335 p.Gly593Cys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
alr 3841080 p.His114Pro missense_variant 1.0
alr 3841546 c.-126C>A upstream_gene_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0