Run ID: ERR4817475
Sample name:
Date: 20-10-2023 08:24:17
Number of reads: 4101398
Percentage reads mapped: 95.4
Strain: lineage4.1.1.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | R | rrs n.888G>A (0.72) |
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 0.99 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472755 | n.910G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
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rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102427 | p.Ser206Pro | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169443 | c.1170T>C | synonymous_variant | 0.98 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 0.97 |
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