Run ID: ERR4818208
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:25:43
Number of reads: 1272202
Percentage reads mapped: 97.67
Strain: lineage4.1.1.3.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 1.0 |
lineage4.1.1.3.1 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 0.98 |
fbiC | 1303601 | p.Glu224Gly | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472258 | n.413A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472285 | n.440A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
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rrl | 1473421 | n.-237G>A | upstream_gene_variant | 0.15 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
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Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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