Run ID: ERR4818364
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:31:00
Number of reads: 4782973
Percentage reads mapped: 99.16
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
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rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168149 | p.Pro822Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
eis | 2714830 | p.Pro168His | missense_variant | 1.0 |
ald | 3087747 | p.Thr310Ala | missense_variant | 1.0 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |