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Run: ERR4818671
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Run ID: ERR4818671

Sample name:

Date: 20-10-2023 08:44:23

Number of reads: 1874889

Percentage reads mapped: 95.35

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.888G>A (0.38)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472670 n.825_838delGGGTTTCCTTCCTTinsTGGATCCTTTCC non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473288 n.1443_1455delCTCGGGAGGGAGCinsGTTTTTGCGGGGGGAGT non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448322 c.-182G>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4242483 c.2622_2636dupCGAGCAGCGGGACAG disruptive_inframe_insertion 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0