Run ID: ERR4818685
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:41:51
Number of reads: 1776970
Percentage reads mapped: 99.31
Strain: lineage4.6.2.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.2 | Euro-American | T;LAM | RD726 | 1.0 |
lineage4.6.2.2 | Euro-American (Cameroon) | LAM10-CAM | RD726 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gid | 4407851 | c.351delG | frameshift_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpR5 | 778298 | c.-692C>T | upstream_gene_variant | 0.97 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473101 | n.1256C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
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rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
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rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrl | 1476207 | n.2550T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476267 | n.2610G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2221746 | c.1416_1418dupCCG | disruptive_inframe_insertion | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065258 | p.Met312Val | missense_variant | 1.0 |
thyX | 3067474 | p.Pro158Ala | missense_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448567 | p.His22Asp | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612571 | c.546C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242550 | c.-683C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4267272 | p.Lys522Arg | missense_variant | 1.0 |
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ethA | 4328004 | c.-531C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |