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Run: ERR4819175
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Run ID: ERR4819175

Sample name:

Date: 20-10-2023 08:52:54

Number of reads: 7961708

Percentage reads mapped: 96.51

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.462C>T (0.53)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9437 c.2136G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472309 n.464_470delCTCGGATinsG non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472838 n.994dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472842 n.997G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472843 n.998A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472859 n.1014_1016delGCGinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473282 n.1437_1438delCTinsTCA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473287 n.1442_1448delCCTCGGGinsTCGTTT non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476523 n.2867delC non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rpsA 1834040 p.Lys167Gln missense_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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