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Run: ERR4819324
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Run ID: ERR4819324

Sample name:

Date: 20-10-2023 08:55:27

Number of reads: 4348020

Percentage reads mapped: 91.17

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.888G>A (0.50)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 759609 c.-198C>A upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.99
mmpL5 775697 c.2784G>A synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474711 n.1054_1056delGGTinsCCGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474753 n.1096_1097delACinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612174 c.942dupG frameshift_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244902 p.Ala557Val missense_variant 1.0
embB 4248684 p.Ala724Val missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0