Run ID: ERR4819368
Sample name:
Date: 20-10-2023 08:56:10
Number of reads: 2320225
Percentage reads mapped: 97.14
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760975 | p.Met390Thr | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
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rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
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rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
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rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
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rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
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rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168149 | p.Pro822Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086767 | c.-53A>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4267715 | c.1122G>A | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |