Run ID: ERR4819565
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:10:45
Number of reads: 1609325
Percentage reads mapped: 99.3
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 6907 | c.-395C>T | upstream_gene_variant | 0.13 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1305493 | p.Ala855Ser | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473101 | n.1256C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
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rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476513 | n.2856G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476524 | n.2867C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168149 | p.Pro822Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2170710 | c.-98C>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
eis | 2715483 | c.-151C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448497 | c.-7T>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4239930 | p.Gly23Glu | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |