Run ID: ERR4820270
Sample name:
Date: 20-10-2023 09:18:21
Number of reads: 4751773
Percentage reads mapped: 95.41
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | R | rpoB p.Ser450Leu (0.99) |
Isoniazid | R | katG p.Ser315Thr (1.00) |
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | R | pncA c.433delG (1.00) |
Streptomycin | R | rpsL p.Lys43Arg (1.00), rrs n.888G>A (0.76) |
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288808 | c.433delG | frameshift_variant | 1.0 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9432 | p.Leu711Met | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620358 | c.468C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 761593 | p.Ala596Gly | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406631 | p.Ala237Val | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472258 | n.413A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1473733 | n.76C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474832 | n.1175A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086966 | p.Asp49Glu | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |