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Run: ERR4820284
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Run ID: ERR4820284

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:35:36

Number of reads: 56882

Percentage reads mapped: 49.72

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.98
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5671 c.432C>T synonymous_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7970 c.672delA frameshift_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.75
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.6
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.8
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.8
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.8
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.8
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.8
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.8
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.8
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.8
rpoC 763585 c.216C>G synonymous_variant 0.6
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.8
rpoC 763606 c.237C>A synonymous_variant 0.75
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rplC 800806 c.-3G>T upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
katG 2156056 p.Gly19Val missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168460 p.Asn718Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746572 p.Arg343Cys missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3449699 p.Ser399Phe missense_variant 0.4
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474123 c.117G>A synonymous_variant 1.0
Rv3236c 3612317 p.Arg267Leu missense_variant 1.0
panD 4044192 c.90C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0