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Run: ERR4820558
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Run ID: ERR4820558

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:44:50

Number of reads: 3567312

Percentage reads mapped: 97.82

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6317 p.Val360Met missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8306 c.1005C>A synonymous_variant 1.0
fgd1 491659 p.Ala293Thr missense_variant 1.0
mshA 576683 p.Gly446Ser missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.99
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472524 n.679G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476187 n.2530T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476189 n.2532C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476666 n.3009C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169192 p.Ala474Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039023 p.Glu561Ala missense_variant 1.0
embC 4241729 p.Ala623Thr missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246548 p.Pro12Gln missense_variant 1.0
ethR 4326976 c.-573G>A upstream_gene_variant 0.99
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1918551 c.613_687delTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN conservative_inframe_deletion 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0