Run ID: ERR4820846
Sample name:
Date: 20-10-2023 09:28:28
Number of reads: 1889272
Percentage reads mapped: 96.69
Strain: lineage4.6.2.2
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | R | rpoB p.His445Asp (1.00) |
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.2 | Euro-American | T;LAM | RD726 | 1.0 |
lineage4.6.2.2 | Euro-American (Cameroon) | LAM10-CAM | RD726 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761139 | p.His445Asp | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpR5 | 778298 | c.-692C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
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rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
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rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
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rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
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rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2155389 | c.723C>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2221746 | c.1416_1418dupCCG | disruptive_inframe_insertion | 0.96 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyX | 3067474 | p.Pro158Ala | missense_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448567 | p.His22Asp | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612571 | c.546C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242550 | c.-683C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4267272 | p.Lys522Arg | missense_variant | 1.0 |
ethR | 4326739 | c.-810G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ethA | 4328004 | c.-531C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |