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Run ID: ERR4820891

Sample name:

Date: 20-10-2023 09:29:29

Number of reads: 1564685

Percentage reads mapped: 93.17

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6995 p.Glu586Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 776427 p.Asn685Thr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474711 n.1054_1060delGGTGTAAinsCCGGGTAT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1096_1097delACinsT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0