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Run: ERR4820891
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Run ID: ERR4820891

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:56:25

Number of reads: 1564685

Percentage reads mapped: 93.17

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6995 p.Glu586Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 776427 p.Asn685Thr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472664 n.819A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474285 n.630_631delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474291 n.635_648delTTCCTCTCCGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474307 n.650G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474309 n.653delT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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