Run ID: ERR4820944
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:58:58
Number of reads: 8150588
Percentage reads mapped: 98.65
Strain: lineage4.1.1.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5248 | c.9C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gyrB | 5805 | p.Thr189Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
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rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
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rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
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rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
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embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |