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Run: ERR4821812
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Run ID: ERR4821812

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:28:11

Number of reads: 4459954

Percentage reads mapped: 95.97

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9432 p.Leu711Met missense_variant 1.0
ccsA 620358 c.468C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.99
Rv1258c 1406631 p.Ala237Val missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474856 n.1199A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086966 p.Asp49Glu missense_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0