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Run: ERR4821962
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Run ID: ERR4821962

Sample name:

Date: 20-10-2023 09:46:38

Number of reads: 7111278

Percentage reads mapped: 94.88

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.799C>T (0.56), rrs n.888G>A (0.12)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9437 c.2136G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473282 n.1437_1438delCTinsTCA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473287 n.1442_1448delCCTCGGGinsTCGTTT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474181 n.524_529delCCTCGAinsTAGTG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475514 n.1857G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475522 n.1865A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475574 n.1917C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476523 n.2867delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155296 c.816C>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087225 p.Val136Leu missense_variant 1.0
fbiD 3339178 p.Ala21Thr missense_variant 1.0
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