TB-Profiler result

Run: ERR4822035
Summary

Run ID: ERR4822035

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:35:53

Number of reads: 856800

Percentage reads mapped: 95.84

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777035 c.1446G>A synonymous_variant 0.1
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472295 n.450A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472298 n.453_454insCCTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918059 c.120C>A synonymous_variant 0.29
PPE35 2169910 p.Asn235Tyr missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
embC 4241357 p.Ala499Ser missense_variant 0.1
embC 4241852 p.Ala664Thr missense_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4246102 p.Thr957Asn missense_variant 0.11
embA 4246504 p.Arg1091Lys missense_variant 0.1
aftB 4268612 c.225G>T synonymous_variant 0.22
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0