Run ID: ERR4822085
Sample name:
Date: 20-10-2023 09:48:40
Number of reads: 2582495
Percentage reads mapped: 90.39
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | R | rrs n.888G>A (0.61) |
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 0.98 |
fbiC | 1303747 | p.Thr273Ala | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472075 | n.230A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472078 | n.233C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472707 | n.862A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
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rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
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rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
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rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
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rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1474181 | n.524C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1474184 | n.527C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1474197 | n.540C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474199 | n.542G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474200 | n.545delT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
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rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
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rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612665 | p.Val151Ala | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338614 | c.-93G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |