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Run: ERR4822167
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Run ID: ERR4822167

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:40:49

Number of reads: 4442610

Percentage reads mapped: 99.22

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474031 n.374T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476380 n.2723G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2221746 c.1416_1418dupCCG disruptive_inframe_insertion 0.97
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448567 p.His22Asp missense_variant 0.99
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267272 p.Lys522Arg missense_variant 1.0
ethR 4326739 c.-810G>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328004 c.-531C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0