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Run: ERR4822169
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Run ID: ERR4822169

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:40:40

Number of reads: 1519845

Percentage reads mapped: 96.52

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8879 c.1578C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474379 n.722G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476652 n.2995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.13
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.14
PPE35 2170082 c.531T>G synonymous_variant 0.22
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039484 c.1221T>G synonymous_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
aftB 4268576 c.261C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4268611 c.225delG frameshift_variant 0.2
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0