Run ID: ERR4822189
Sample name:
Date: 01-04-2023 17:41:19
Number of reads: 1872670
Percentage reads mapped: 98.83
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1474181 | n.524C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474184 | n.527C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474197 | n.540C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474199 | n.542G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474200 | n.545delT | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rpsA | 1834965 | p.Glu475Gly | missense_variant | 0.1 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168149 | p.Pro822Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3074350 | p.Gly41Asp | missense_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448497 | c.-7T>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4244768 | c.1536G>A | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |