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Run: ERR4828391
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Run ID: ERR4828391

Sample name:

Date: 01-04-2023 18:51:21

Number of reads: 50514

Percentage reads mapped: 3.1

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9333 p.Gly678Trp missense_variant 1.0
fgd1 490933 c.155delC frameshift_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620499 c.609G>A synonymous_variant 0.4
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305010 p.Val694Leu missense_variant 0.29
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473124 n.1279A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
fabG1 1673246 c.-194G>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726313 p.Asp41Asn missense_variant 1.0
Rv2752c 3065627 p.Ser189Pro missense_variant 0.67
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4039921 p.Arg262Cys missense_variant 0.67
clpC1 4040230 p.Gly159Trp missense_variant 0.67
panD 4044010 p.Ala91Val missense_variant 0.67
embB 4247910 p.Leu466Ser missense_variant 1.0
ubiA 4269092 p.Phe248Ile missense_variant 0.67
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethR 4328138 p.Ala197Asp missense_variant 1.0
whiB6 4338242 p.Gln94Glu missense_variant 1.0