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Run: ERR4828962
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Run ID: ERR4828962

Sample name:

Date: 01-04-2023 19:11:40

Number of reads: 1959174

Percentage reads mapped: 92.69

Strain: lineage4.1.4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.4 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.17
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778042 p.Ala147Thr missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474286 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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