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Run: ERR5979784
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Run ID: ERR5979784

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:23:26

Number of reads: 5774822

Percentage reads mapped: 96.36

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
mshA 576616 c.1269G>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 777883 p.Gly200Arg missense_variant 0.22
mmpR5 779137 p.Arg50Trp missense_variant 0.54
mmpR5 779263 c.275dupA frameshift_variant&stop_gained 0.53
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472350 n.505C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
fabG1 1673553 p.Asp38Glu missense_variant 0.18
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.25
pepQ 2860159 p.Ala87Gly missense_variant 0.19
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.57
whiB7 3568425 c.255T>G synonymous_variant 0.23
whiB7 3568428 c.252A>G synonymous_variant 0.33
rpoA 3878608 c.-101C>G upstream_gene_variant 0.29
rpoA 3878641 c.-134C>G upstream_gene_variant 0.43
embC 4240409 p.Pro183Ala missense_variant 0.15