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Run ID: ERR5979787

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:23:36

Number of reads: 6073682

Percentage reads mapped: 98.29

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.14
rpoC 764367 p.Gly333Ala missense_variant 0.15
mmpL5 777883 p.Gly200Arg missense_variant 0.18
mmpR5 779120 p.Leu44Pro missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472350 n.505C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472504 n.659A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475490 n.1833C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
fabG1 1673553 p.Asp38Glu missense_variant 0.2
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.17
pepQ 2860159 p.Ala87Gly missense_variant 0.21
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.5
fbiD 3339749 p.Val211Ala missense_variant 0.17
fbiD 3339751 p.Ala212Pro missense_variant 0.21
whiB7 3568431 c.249C>G synonymous_variant 0.18
rpoA 3878613 c.-106A>C upstream_gene_variant 0.2
rpoA 3878618 c.-111A>C upstream_gene_variant 0.18
rpoA 3878633 c.-126C>A upstream_gene_variant 0.25
rpoA 3878641 c.-134C>G upstream_gene_variant 0.4
embC 4240409 p.Pro183Ala missense_variant 0.17