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Run: ERR5979815
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Run ID: ERR5979815

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:24:32

Number of reads: 3172048

Percentage reads mapped: 95.83

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.24
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.15
mmpR5 779137 p.Arg50Trp missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.19
clpC1 4039645 p.His354Asp missense_variant 0.11
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.25