Run ID: ERR5979819
Sample name:
Date: 02-04-2023 01:24:41
Number of reads: 3303662
Percentage reads mapped: 98.58
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.24 |
mshA | 576482 | p.Val379Leu | missense_variant | 0.1 |
mmpR5 | 779137 | p.Arg50Trp | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.35 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.36 |