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Run: ERR5979826
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Run ID: ERR5979826

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:24:47

Number of reads: 3388512

Percentage reads mapped: 95.14

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.3
mmpR5 779351 p.Gly121Glu missense_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474465 n.808G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475253 n.1600dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475602 n.1945G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.25
rpoA 3878637 c.-130G>C upstream_gene_variant 0.12
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.24