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Run: SRR1183034
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Run ID: SRR1183034

Sample name:

Date: 03-04-2023 04:58:41

Number of reads: 21283

Percentage reads mapped: 0.49

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781596 c.37C>A synonymous_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267902 p.Val312Ala missense_variant 1.0