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Run: SRR18572455
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Run ID: SRR18572455

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:55:37

Number of reads: 5836849

Percentage reads mapped: 97.92

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
fbiC 1305250 p.Arg774Gly missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474153 n.496C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474166 n.509G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474167 n.510T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474199 n.542G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474467 n.810A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476363 n.2706A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476366 n.2709A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476374 n.2717T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476523 n.2866T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476572 n.2915G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476573 n.2916A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14