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Run: SRR2101709

Summary

Run ID: SRR2101709

Sample name:

Date: 19-10-2023 17:27:05

Number of reads: 1706423

Percentage reads mapped: 93.18

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpS5 779606 c.-703_-702delAC upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781435 c.-125G>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472678 n.833_834delTTinsGCC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472684 n.839_845delGGGATCCinsA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473201 n.1356_1357delACinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407798 c.405G>T synonymous_variant 1.0